Sesuai dengan visi dan misi yang diemban BPPD Aceh yaitu : Terwujudnya Dayah Sebagai Lembaga Pendidikan & Pembinaan Yang Mampu Melahirkan Generasi Muda Berkualitas & Islami, Badan Pembinaan Pendidikan Dayah Aceh (BPPD Aceh) tahun 2016 telah menetapkan 7 program prioritas antara lain :
Penjabaran dari program yang sudah dan masih dilakukan yaitu: Kegiatan Pembangunan Dan Pengembangan Sarana dan Prasarana Dayah, Kegiatan Pembangunan Dan Pengembangan Sarana dan Prasarana Dayah Perbatasan, Kegiatan Pembangunan Dan Pembangunan Dayah Manyang (Ma`had Aly), Kegiatan Pembangunan Dan Pengembangan Sarana dan Prasarana Balai Pengajian/ Rumah Pengajian.
Bentuk kegiatan dari program ini meliputi Kegiatan Pelatihan Penulisan Kitab Kuning, Kegiatan Workshop Pembina Kaligrafi bagi Teungku Dayah, Kegiatan Pelatihan Kompetensi Teungku Dayah, Kegiatan Pendidikan Lanjutan Bagi Teungku Dayah ke Luar Negeri, Kegiatan Penyediaan Insentif Pimpinan & Teungku Dayah, Kegiatan Bantuan Untuk Tenaga Pengajar Bahasa Inggris & Bahasa Arab, Kegiatan Bantuan untuk Ulama Dayah dan Kegiatan Pelatihan Perencanaan Pembangunan Dayah.
Ketiga, Program Pemberdayaan Santri Dayah, dimaksudkan untuk memberikan keterampilan hidup kepada santri dayah, sehingga diharapkan para santri dayah mampu mandiri dan berusaha sendiri sesuai dengan bakat dan keinginan dari santri dayah. melalui program ini BPPD Aceh bekerjasama dengan instansi lain memberikan pembekalan dan pengetahuan
Program ini meliputi Kegiatan Pembinaan Karakter bagi Santri Dayah, Kegiatan Pelatihan Pembinaan Kaligrafi Santri Dayah, Kegiatan Pelatihan Komputer Santri Dayah, Kegiatan Pelatihan Life Skill Santriwan & Santriwati, Kegiatan Pelatihan Manajemen Pengurus Ikatan Santri Dayah, Kegiatan Bantuan untuk Kegiatan Ekstra Kurikuler Santri, Kegiatan Bantuan Khusus Santri Belajar di Luar Daerah & di Luar Negeri, Kegiatan Pekan Olah Raga Santri Dayah (Porsanda) Se Aceh, Piala Bergilir Gubernur Aceh, Kegiatan Bantuan Penulisan Karya Ilmiah untuk Teungku dan Santri,  Kegiatan Musabaqah Qira’atul Kutub & Sayembara Baca Kitab Kuning, Kegiatan Pembinaan Gudep Pramuka Santri Dayah, Kegiatan Pelatihan Jurnalistik Santri.
Keempat, Program Pembinaan Manajemen Dayah, program ini dimaksudkan memberikan pengetahuan manajerial  kepada para teungku-teungku pimpinan dayah dalam pengelolaan pendidikan dayah, manajerial keuangan, dayah dan administrasi dayah.
Kegiatan yang mendukung program ini meliputi Kegiatan Pelatihan Manajemen Dayah, Kegiatan Pelatihan Pengembangan Silabus dan Kurikulum Dayah, Kegiatan Legalisasi & Sertifikasi Kepemilikan Tanah Dayah, Kegiatan Pelatihan Aset manajemen Dayah, Kegiatan Evaluasi dan Pelaporan Pembinaan Pendidikan Dayah, Kegiatan Pelatihan Usaha Kesehatan Dayah, Kegiatan Bantuan Modal Pemberdayaan Usaha Ekonomi Produktif, Kegiatan Pelatihan Sistem Pengasuhan Santri.
Kelima, Pemberdayaan Ekonomi Dayah, program ini dimaksudkan untuk Penguatan – penguatan institusi dan kelembagaan ekonomi dayah dalam rangka menumbuhkan sistem perekonomian kolektif dan penguatan permodalan secara swadaya dan mandiri. Program ini meliputi Pelatihan Ekonomi dayah produktif.
Keenam, Program Pengembangan Tekhnologi Informasi dan Perpustakaan Dayah, Program ini dimaksudkan untuk pengembangan pendidikan melalui media tekhnologi (e-learning), dan media pembelajaran.
Program ini mencakup Kegiatan Penyusunan Database Dayah, Kegiatan Penerbitan Berkala Majalah/Jurnal  Dayah, Kegiatan Penyediaan Alat Bantu Proses Belajar Mengajar di Dayah, Kegiatan Pengelolaan Website BPP Dayah.
Ketujuh, Program Penelitian dan Pengembangan Dayah, program ini dimaksudkan untuk mengembangkan pendidikan dayah melalui penelitian-penelitian yang dilakukan terhadap dayah secara terus menerus dengan harapan pada akhirnya ditemukan apa yang dibutuhkan oleh pendidikan dayah yang akan dituangkan dalam program dan kegiatan badan pembinaan pendidikan dayah.
Bentuk kegiatan dari program ini meliputi Kegiatan Penelitian &Pengembangan Dayah, Kegiatan Forum Silahturahmi Pimpinan Dayah, Kegiatan Rakor Badan Pembinaan Pendidikan Dayah dan Kegiatan Penyusunan Buku Profil Dayah.